食品安全檢測機構相似度高、檢驗項目重復。我國現有食品安全檢測機構約1100家，這些檢測機構隸屬于質檢部門、門、門、食品藥品監督管理部門、工商行政部門等。有些實驗室之間從實驗室設置、儀器種類甚至型號都相同，造成了很多檢測機構的檢驗項目一致，僅檢測的樣品不同。如門的檢測樣品多為蔬菜、水果、谷物等初級農產品;質監部門的檢測樣品除原材料外，多為加工食品;FDA的檢測多為餐飲原料乳、魚、蛋、蔬菜、谷物等，以及部分餐飲產品。但這些檢測項目都具有高度的相似性，都包括細菌和霉菌檢測、化學污染檢測，而且大部分檢測機構都能對細菌學檢驗、農藥殘留、重金屬、獸藥殘留等進行檢測，而不能對等物質進行檢測。
現如今食品安全已經成為了廣大人民群眾尤為關注的一個方面，而且以往的食品安全事件已經為人們敲響了警鐘，只有做好食品質量與安全管理，才能夠有效消除食品安全隱患，讓廣大人民群眾吃到放心安全的食品。而食品微生物的檢測就是查找食品安全隱患的重要措施，在具體的檢測工作當中，必須注重多元方法的整合，保證規范的執行各個操作規程，落實檢測工作職能，提升檢測人員的總體素質，為人們健康食品的需求。
現階段我國食品檢測行業質量管理是改善食品問題的有效戰略，因此為從根本上突破食品檢測行業質量管理中存在的局限性，現階段食品檢測企業就應及時認清食品市場的發展特征，構建起一系列更為完善的質量管理機制，提升任職人員的技能及職業素養，使其能夠認清自身崗位的重要性，從根本上保障大眾的食品安全，并為進一步鞏固與落實食品檢測行業在市場經濟中所占據的重要地位奠定堅實的基礎。
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