樣品檢測重復檢測機構的重復設置、缺乏特色，必然帶來重復檢測，如牛奶的檢測，原料乳由農業檢驗機構檢測一遍;到企業生產過程中，企業、質檢部門的檢測機構再檢測一遍、進入流通領域后工商部門又檢測一遍，其結果必然導致熱點問題、熱點食品每個部門都去檢測，而有些食品檢測項目則無人問津。致使檢驗人員天天滿負荷工作，沒有時間研究新的危害因素，從而導致剛解決完一個食品安全問題，又曝出一個新問題，檢測機構疲于一個接一個的檢測任務。
造成這種局面的根本原因是我們在食品安全管理中過分強調且依賴了檢測的作用。即使檢測方法很準確、檢測樣本很有代表性，但這種對產品的檢測只能是事后發現問題食品，處理問題食品，卻無法改變食品的安全性。因此，必須將食品安全檢測延伸到食品生產企業，將檢測作為工具，用于判斷生產原材料、生產環境、生產工藝、包裝材料、從業人員等各個環節是否能夠保障食品的安全。這就好比一個患者測定血糖水平，其目的不在于知曉自身的血糖高低，而在于判斷、飲食、運動等各個環節是否能夠有效地控制血糖。
微生物檢測是對食物進行衛生檢查不可或缺的工作內容，更是發現食品衛生安全問題的重要環節。在把食品加工生產出來之后，質檢人運用科學化的檢驗方法來評估食品衛生安全是否過關，通過保證檢驗質量和準確性為食品的生產者提供重要的工作依據。為維護食品行業的穩定持續與健康發展，提高人民群眾的健康水平，必須重視食品微生物的檢測，提高檢測質量。
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