食品安全檢測機構相似度高、檢驗項目重復。我國現有食品安全檢測機構約1100家，這些檢測機構隸屬于質檢部門、門、門、食品藥品監督管理部門、工商行政部門等。有些實驗室之間從實驗室設置、儀器種類甚至型號都相同，造成了很多檢測機構的檢驗項目一致，僅檢測的樣品不同。如門的檢測樣品多為蔬菜、水果、谷物等初級農產品;質監部門的檢測樣品除原材料外，多為加工食品;FDA的檢測多為餐飲原料乳、魚、蛋、蔬菜、谷物等，以及部分餐飲產品。但這些檢測項目都具有高度的相似性，都包括細菌和霉菌檢測、化學污染檢測，而且大部分檢測機構都能對細菌學檢驗、農藥殘留、重金屬、獸藥殘留等進行檢測，而不能對等物質進行檢測。
產品檢測效能低由于食品的特殊性，特別是預包裝食品，檢測后就會失去食用價值，因此只能依靠抽樣檢測結果來推斷其總體水平。這樣就會存在抽樣誤差的問題，特別是目前我國的初級農產品，由于分散式種、養，一個樣品并不一定具備代表性。例如對豬肉中進行抽樣檢測，如果這些豬是從不同養殖戶那分散收購的，那么抽樣檢測幾乎沒有意義，即使抽樣率為90%，合格率是100%，也不敢肯定剩下的10%一定沒有問題，這樣就會使檢測的效能大大降低。
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