進行藥品配制。應用提取液對試劑稀釋劑進行配制，在配制過程中要對pH值進行不斷校正，結合要求進行蒸餾水與藥品的添加，把控好溫度，在室溫條件下使用藥品和酶試劑。再次，優選樣品。以蔬菜檢測為例，需要先將爛葉、枯葉去掉，在表皮到果肉1-2cm處提取出果肉，把控好提取量。如果蔬菜含有葉綠素以及其他色素，則要浸提整株，防止浸出大量色素對檢測結果造成影響。有條件的實驗室可選擇用活性炭先進性脫色處理，也能減小色素對過濾液的干擾，作離心處理之后提取其中清液等待檢測。實驗表明，蔥、姜、蒜、蘿卜、番茄等汁液中由于存在對酶有影響的植物次生物質，通常會因為基質效應的干擾而出現假陽性，在處理這類樣品過程中也需要浸提整株，以避免受到次生物質的影響。，使用移液器和試劑。
樣品檢測前處理室主要考慮通風要求。儀器分析室主要考慮用電負荷、控溫控濕、氣路、地線、消防手段等要求。稱量室要考慮氣流穩定、無振動、隔離緩沖等要求。標液配制室要考慮獨立空間、防止交叉污染等要求。微生物檢測室、成分檢測室、食品毒理分析室等潔凈區域應滿足國家相關技術規范要求。在其他相關設施方面，農產品檢測實驗室的配電功率，一般每個工作間電力配置應有10%功率富余。
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